来月经时肚子疼和腰疼，可能是以下原因引起：
1.前列腺素水平升高：前列腺素含量升高可能导致子宫平滑肌过强收缩，血管挛缩，造成子宫缺血、乏氧状态，从而引起痛经。同时，可能会刺激腰部神经，导致腰部疼痛。
2.精神因素：部分女性对月经来潮存在紧张或恐惧心理，反而会加重疼痛。
3.子宫发育不良：子宫发育不良或经血排出不畅，也可能导致痛经和腰疼。
4.妇科病：如盆腔炎、子宫内膜异位症、子宫肌瘤等，也可能引起月经期间肚子疼和腰疼。
5.其他：经期剧烈运动、受风寒湿冷等，也可能引起痛经和腰疼。
如果疼痛症状严重，或持续时间较长，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，经期要注意保暖，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，有助于缓解疼痛。