当两岁宝宝半夜发烧到39度时，以下是一些建议的处理方法：
1.测量体温：使用体温计测量宝宝的体温，确保测量准确。如果体温确实为39度，属于高烧，需要采取措施降低体温。
2.松解衣物：确保宝宝穿着宽松、舒适的衣物，不要过度包裹，以利于散热。
3.补充水分：让宝宝多喝水或母乳，以补充因发烧而流失的水分，防止脱水。
4.物理降温：可以采用温水擦拭身体、使用退热贴等方法来降低体温。但需注意，不要使用酒精擦拭，以免引起过敏或中毒。
5.服用退烧药：如果宝宝的体温持续升高或出现不适症状，可以按照医生的建议服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。但需注意药物的使用剂量和使用时间。
6.及时就医：如果宝宝的发烧持续时间较长、体温过高、出现精神萎靡、呼吸急促等异常症状，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。
需要注意的是，每个宝宝的身体状况和反应都不同，如果对宝宝的发烧情况感到担忧或不确定，应及时咨询医生的意见。此外，在平时，家长可以通过加强宝宝的营养、提高免疫力等方式预防宝宝发烧。