宝宝半夜发烧39度是一种常见的症状，可能由感染、感冒、喉咙炎等引起。以下是一些应对方法：
1.测量体温：使用体温计测量宝宝的体温。如果体温超过38.5摄氏度，需要采取降温措施。
2.服用退烧药：可以按照医生的建议给宝宝服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。注意按照药品说明书的剂量使用。
3.多喝水：让宝宝多喝水，以补充因发烧而流失的水分。
4.保持通风：确保宝宝的房间通风良好，但要避免让宝宝直接吹风。
5.物理降温：可以用温水擦拭宝宝的额头、颈部、腋窝和腹股沟等部位，帮助降低体温。
6.观察宝宝的症状：密切观察宝宝的症状，如是否有咳嗽、流鼻涕、喉咙痛、皮疹等。如果症状持续或加重，或者宝宝出现呼吸急促、精神萎靡等异常情况，应及时就医。
7.就医：如果宝宝的体温持续升高或出现其他严重症状，应及时就医。医生会根据宝宝的具体情况进行诊断，并给予相应的治疗。
需要注意的是，以上方法仅适用于一般情况下的发烧处理。如果宝宝有其他健康问题或特殊情况，如过敏、先天性疾病等，应在医生的指导下进行治疗。同时，定期带宝宝进行体检，预防接种等，有助于提高宝宝的免疫力，减少感染的发生。