例假第三天肚子疼，可能是以下原因引起：
1.生理性疼痛：
前列腺素分泌：在月经期间，女性体内的前列腺素分泌会增加，前列腺素会导致子宫收缩，从而引起疼痛。
子宫收缩：子宫收缩是为了将经血排出体外，收缩过程中可能会引起疼痛。
2.其他因素：
子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，这些异位的子宫内膜组织在月经期间也会出血，从而引起疼痛。
盆腔炎：盆腔炎是指女性生殖器官及其周围结缔组织、盆腔腹膜的炎症，炎症可导致腹痛。
子宫腺肌病：子宫腺肌病是指子宫内膜腺体和间质侵入子宫肌层，在月经期间，子宫肌层内的异位内膜组织也会出血，从而引起疼痛。
子宫肌瘤：子宫肌瘤是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，较大的肌瘤可能会影响子宫的正常收缩，导致疼痛。
如果例假第三天肚子疼的症状持续不缓解或伴有其他症状，如发热、呕吐、腹泻等，应及时就医，以便明确病因并进行治疗。
对于青春期少女和生育年龄的女性，如果例假第三天肚子疼，需要排除子宫内膜异位症的可能。此外，有性生活的女性还需要排除怀孕相关的问题，如宫外孕、先兆流产等。
对于围绝经期的女性，如果例假第三天肚子疼，需要警惕子宫内膜病变的可能，如子宫内膜癌等。
总之，例假第三天肚子疼可能是正常的生理现象，但也可能是某些疾病的表现。如果疼痛严重或持续不缓解，应及时就医，以便明确病因并进行治疗。