早上起来肚子疼上完厕所就好，可能是以下原因引起：
1.肠痉挛：
夜间睡眠时，腹部受凉或吃了过多产气食物，可引起肠痉挛，导致肚子疼。当大便排出后，肠痉挛缓解，疼痛也会消失。
此外，肠道寄生虫、饮食改变、便秘等也可能导致肠痉挛。
2.肠易激综合征：
这是一种常见的功能性肠病，多与精神因素、饮食、肠道感染等有关。患者常有腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状，常因情绪变化或进食诱发。
3.其他：
溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病，也可能出现腹痛、腹泻等症状，但通常还会伴有其他症状，如脓血便、发热等。
腹部脏器的其他疾病，如肠梗阻、阑尾炎、胆囊炎等，也可能引起腹痛，但疼痛的性质和部位可能不同。
如果这种情况经常发生，或伴有其他症状，如发热、呕吐、脓血便等，建议及时就医，进行相关检查，如大便常规、肠镜等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，要注意腹部保暖，避免吃生冷、油腻、辛辣食物，保持良好的生活习惯和心态。