早上起来肚子疼上完厕所就好，可能是以下原因引起的：
1.五更泻：中医认为，早上5点到7点是大肠经当令，这个时间段腹痛泄泻，泻后则安，是典型的五更泻症状。多因肾阳不足，命门火衰，阴寒内盛所致。
2.肠痉挛：如果夜间腹部受凉，或食用了过多生冷、油腻的食物，可能会导致肠痉挛，引起腹痛。排便后，肠道痉挛缓解，腹痛也会随之减轻。
3.肠易激综合征：这是一种常见的功能性肠病，以腹痛、腹胀、排便习惯和（或）大便性状改变为临床表现，而缺乏胃肠道结构和生化异常。精神、饮食等因素常诱使症状复发或加重。
4.其他：溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病，肠道肿瘤等也可能出现上述症状。
需要注意的是，如果这种症状经常出现，或伴有其他症状，如腹泻、便秘、脓血便、消瘦等，应及时就医，进行相关检查，如大便常规、肠镜等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意饮食卫生，避免食用过多生冷、油腻、辛辣的食物，保持良好的生活习惯和心态。