三个月宝宝有痰，可能是以下原因引起的：
1.呼吸道感染：宝宝的呼吸道比较狭窄，容易受到感染，导致痰液分泌增多。如果宝宝同时伴有咳嗽、流鼻涕、发热等症状，可能是呼吸道感染引起的。
2.过敏：宝宝对某些物质过敏，也可能导致呼吸道过敏反应，引起痰液分泌增多。
3.环境因素：宝宝所处的环境过于干燥、空气污染严重等，也可能刺激呼吸道，导致痰液分泌增多。
4.其他：宝宝的喉部结构尚未完全发育成熟、吞咽功能不完善等，也可能导致痰液在喉部积聚。
针对三个月宝宝有痰的情况，可以采取以下措施：
1.保持室内空气湿润，可以使用加湿器增加空气湿度。
2.给宝宝多喝水，有助于稀释痰液，促进痰液排出。
3.可以轻轻拍打宝宝的背部，帮助痰液咳出。
4.如果宝宝痰液较多，可以在医生的指导下使用祛痰药物，如氨溴索、氨溴特罗等。
5.如果宝宝伴有咳嗽、发热等症状，需要及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，三个月的宝宝还比较小，身体各器官尚未完全发育成熟，使用药物需要特别谨慎。在给宝宝使用任何药物之前，都应该先咨询医生的意见，按照医生的建议使用药物。同时，在宝宝的护理过程中，要注意保持宝宝的口腔清洁，及时清理口腔内的分泌物，避免细菌滋生。如果宝宝的症状持续加重或出现其他异常情况，应及时就医。