小孩早晨起来咳嗽可能由多种原因引起，比如环境因素，像室内空气干燥时，就容易刺激小孩咽喉导致早晨咳嗽，一般来说，室内相对湿度保持在50%~60%较为适宜。
一、上呼吸道感染恢复期
如果小孩之前有过感冒等上呼吸道感染情况，在恢复期可能会遗留早晨咳嗽的症状。这是因为上呼吸道感染时，呼吸道黏膜受到损伤，修复需要一定时间，早晨时呼吸道分泌物会刺激咳嗽反射。通常这种情况会持续1~2周左右，随着身体逐渐恢复，咳嗽会慢慢减轻。
二、过敏因素
室内过敏原： 床上的尘螨是常见的过敏原，小孩夜间接触后，早晨起床时就容易因气道过敏反应而咳嗽。据统计，有过敏体质的小孩中，约30%以上会因尘螨过敏出现晨起咳嗽情况。另外，室内的宠物毛发、霉菌等也可能是过敏原。户外过敏原： 早晨外出时，花粉也是常见过敏原，尤其是在花粉传播季节，如春季，小孩接触花粉后可能引发气道过敏，导致早晨咳嗽。
三、胃食管反流
小孩的食管下括约肌发育不完善，容易出现胃食管反流。当夜间平卧时，胃内容物可能反流至食管，刺激咽喉，早晨起来就会咳嗽。这种情况在进食过多、吃奶后立即平卧的小孩中更常见。一般调整喂养方式，如喂奶后适当竖抱拍嗝，减少奶量等，可能会有所改善。