巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，其症状主要包括以下几个方面：
1.痛经：痛经是巧克力囊肿最常见的症状之一，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药物止痛。疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失。
2.性交痛：这也是一个明显的信号，当存在巧克力囊肿时可能会出现性交痛，这是因为子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症病灶，使周围组织肿胀而影响性生活，月经前期性感不快加重。
3.月经异常：可以表现为月经周期缩短、经量增多、经期延长等，还可能出现经间期出血、性交后出血等症状。
4.其他：巧克力囊肿还可能导致患者出现性交不适、尿频、尿急、尿痛等症状，严重影响患者的生活质量。
需要注意的是，巧克力囊肿的症状可能并不典型，有些患者可能没有明显的症状，而是在体检或其他疾病检查中偶然发现。如果出现上述症状，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断。