月经干净第三天同房是否会怀孕，不能一概而论，需要根据个人情况进行分析，主要有以下几种可能：
1.不会怀孕：如果女性月经周期规律，月经持续时间在3-7天内干净，月经干净第三天通常处于安全期，此时同房怀孕的几率较小。
2.可能怀孕：如果女性月经周期不规律，或月经持续时间较长，月经干净第三天可能已经进入排卵期，此时同房怀孕的几率较大。此外，如果女性的排卵提前，也可能在月经干净第三天排卵，导致怀孕。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变。因此，如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。
对于月经周期不规律的女性，或者有其他生育需求的女性，可以通过以下方法来提高受孕几率：
1.监测基础体温：基础体温是指在睡眠6-8小时后，尚未起床、进食、说话前所测量到的体温。一般在排卵后，基础体温会升高0.3-0.5℃，持续11-14天。通过监测基础体温，可以了解自己的排卵情况，选择在排卵期同房，提高受孕几率。
2.使用排卵试纸：排卵试纸是通过检测尿液中的促黄体生成素（LH）水平来预测排卵的。一般在月经周期的第10天开始使用，每天定时检测，当试纸出现阳性或强阳性时，通常表示即将排卵，此时同房受孕几率较高。
3.进行超声监测：通过超声检查可以直接观察卵泡的发育情况和排卵过程，了解排卵时间，从而选择合适的同房时间，提高受孕几率。
总之，月经干净第三天同房是否会怀孕，需要根据个人情况进行分析。如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取可靠的避孕措施；如果有怀孕的需求，可以通过监测基础体温、排卵试纸或超声监测等方法来提高受孕几率。此外，如果对自己的生育情况有任何疑问或担忧，建议及时咨询医生。