大便肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，常发生在肛门后位，主要症状为疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂的典型表现，即肛管皮肤纵行裂口，伴肛门括约肌痉挛，因此肛门部剧痛，但便后数分钟疼痛缓解。
2.肛管炎：肛管炎是长期的粪便刺激和不良的排便习惯引起的，其主要表现为肛门部下坠感、疼痛、肛管黏膜充血、水肿、糜烂，有时可伴有全身症状。
3.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。其主要表现为肛门部软组织团块，有肛门不适、潮湿瘙痒或异物感，如发生血栓形成及皮下血肿则有剧痛。
4.内痔：内痔是肛垫的支持结构、血管丛及动静脉吻合发生的病理性改变或移位，内痔好发于截石位3、7、11点，主要表现为便血、痔核脱出、肛门瘙痒。内痔发展到后期可引起肛门括约肌松弛，常有分泌物流出，导致肛门潮湿瘙痒，有时还会出现内痔嵌顿，伴有剧痛。
5.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管直肠周围脓肿。其主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。
6.直肠癌：直肠癌是胃肠道中常见的恶性肿瘤，早期症状不明显，随着肿瘤的生长，可出现排便习惯改变、血便、脓血便、里急后重、便秘、腹泻等症状。肛管直肠指诊是直肠癌最常用的诊断方法。
7.其他：肛门部手术、外伤、异物损伤、肛管及直肠恶性肿瘤等也可引起大便肛门疼痛。
如果出现大便肛门疼痛，应及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。同时，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。