根据以上临床表现的不同，可将枕骨大孔疝与小脑幕切迹疝区分开来，其中最主要的区别在于呼吸骤停和意识障碍的出现时间和程度，以及瞳孔变化和锥体束征的表现。
枕骨大孔疝不同于小脑幕切迹疝的临床表现主要有以下几点：
1.（一）呼吸骤停
枕骨大孔疝时，由于延髓呼吸中枢受损，患者可出现呼吸骤停，这是枕骨大孔疝最危急的情况。
小脑幕切迹疝早期，由于脑干内网状结构未受损，患者呼吸功能可保持正常。
2.（二）意识障碍
枕骨大孔疝患者，由于延髓网状结构受损，患者可出现意识障碍，且程度较深。
小脑幕切迹疝患者，由于脑干网状结构未受损，患者意识障碍程度相对较轻。
3.（三）瞳孔变化
枕骨大孔疝时，由于位于延髓的交感神经下行纤维受损，患者可出现双侧瞳孔缩小。
小脑幕切迹疝时，由于动眼神经受压，患者可出现患侧瞳孔缩小，对侧瞳孔散大。
4.（四）锥体束征
枕骨大孔疝时，由于延髓受损，患者可出现锥体束征，如四肢瘫痪、腱反射亢进等。
小脑幕切迹疝时，由于锥体束在脑干内的位置较高，患者锥体束征出现较晚。