13岁男孩两膝盖关节疼可能由以下原因引起：
1.生长痛：男孩正处于生长发育的高峰期，骨骼生长迅速，而周围的神经、肌腱、肌肉的生长相对较慢，导致骨骼会拉扯肌肉、肌腱，引起疼痛。这种疼痛通常发生在夜间，疼痛部位主要在膝盖关节附近，一般不需要特殊治疗，适当休息、按摩、热敷等可以缓解。
2.外伤：如果男孩膝盖关节受到外力撞击、扭伤等，可能会导致局部软组织损伤、骨折等，从而引起疼痛。如果疼痛较为剧烈，或者伴有肿胀、活动受限等症状，建议及时就医，进行X光等检查，以明确诊断。
3.感染：如果膝盖关节附近的皮肤出现感染，如疖肿、脓疱疮等，也可能会引起疼痛。此外，一些全身性感染性疾病，如猩红热、败血症等，也可能导致膝盖关节疼痛。
4.其他：风湿性关节炎、类风湿性关节炎、滑膜炎等疾病也可能导致膝盖关节疼痛。
如果男孩膝盖关节疼痛持续时间较长、疼痛剧烈、伴有其他症状，或者经过休息、热敷等处理后症状没有缓解，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意观察男孩的病情变化，避免让男孩进行剧烈运动，注意保暖，避免膝盖关节受凉。