13岁男孩两膝盖关节疼，可能与以下原因有关。
生长痛：男孩正处于生长发育的高峰期，骨骼生长迅速，而周围的神经、肌腱、肌肉等生长速度相对较慢，导致骨骼会拉扯肌肉、肌腱等，引起疼痛。这种疼痛通常发生在夜间，疼痛部位多为膝盖、小腿等，一般不需要特殊治疗，适当休息、按摩、热敷等有助于缓解疼痛。
外伤：如果男孩膝盖关节受到外力撞击、扭伤等，可能会导致局部软组织损伤、骨折等，从而引起疼痛。如果疼痛较为剧烈，或伴有肿胀、活动受限等症状，建议及时就医，进行X光等检查，以明确诊断。
感染：如果男孩膝盖关节附近的皮肤出现破损、感染等，细菌、病毒等可能会顺着血液进入膝盖关节，引起感染，导致疼痛、红肿等症状。此外，一些全身性感染性疾病，如猩红热、败血症等，也可能导致膝盖关节疼痛。
其他：一些其他疾病，如滑膜炎、髌骨软化症、半月板损伤等，也可能导致膝盖关节疼痛。
如果男孩膝盖关节疼痛持续时间较长、疼痛较为剧烈，或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意让男孩多休息，避免剧烈运动，注意保暖，避免膝盖关节受寒。