13岁女孩晚上膝盖疼，可能与以下原因有关：
1.生长痛：13岁女孩正处于生长发育期，骨骼生长迅速，而周围的神经、肌腱等组织生长相对较慢，可能会导致牵拉痛，引起膝盖疼。这种疼痛通常发生在晚上，疼痛部位多在膝关节附近，不伴有红肿、发热等症状。一般不需要特殊治疗，可通过按摩、热敷等方式缓解疼痛，同时要注意休息，避免过度运动。
2.外伤：如果女孩在白天活动时不小心摔倒或碰撞到膝盖，可能会导致膝盖受伤，引起疼痛。如果疼痛持续不缓解或伴有肿胀、活动受限等症状，建议及时就医，进行X光等检查，以明确是否存在骨折等情况。
3.感染：如果女孩的膝盖部位受到细菌、病毒等感染，也可能会引起炎症，导致疼痛。常见的感染性疾病包括滑膜炎、骨髓炎等。此外，一些全身性感染性疾病，如猩红热、败血症等，也可能会导致膝盖疼痛。如果怀疑感染，需要及时就医，进行血常规、C反应蛋白等检查，以明确诊断，并进行相应的治疗。
4.其他：一些其他疾病也可能会导致女孩晚上膝盖疼，如风湿性关节炎、幼年特发性关节炎等。这些疾病除了会引起膝盖疼痛外，还可能会伴有其他症状，如发热、关节肿胀、畸形等。如果怀疑是这些疾病，需要及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并进行相应的治疗。
总之，如果女孩晚上膝盖疼持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并进行相应的治疗。同时，要注意休息，避免过度运动，注意保暖，避免膝盖受凉。