23价肺炎疫苗覆盖血清型更多，包含23种肺炎球菌血清型，能预防多种肺炎球菌感染，但接种对象主要是2岁以上高危人群及老年人群；13价肺炎疫苗覆盖特定的13种肺炎球菌血清型，主要用于6周龄 - 5岁婴幼儿和某些高危成人，在婴幼儿保护方面有特定优势。
疫苗覆盖血清型差异
23价肺炎疫苗涵盖23种肺炎球菌血清型，覆盖范围广；13价肺炎疫苗包含13种血清型，相对覆盖范围窄一些，但针对的是引起侵袭性疾病等更具致病性的血清型。
接种对象不同
23价肺炎疫苗适合2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）、免疫功能低下者以及65岁以上老年人接种；13价肺炎疫苗主要用于6周龄至5岁婴幼儿，还有某些患有特定基础疾病的成人，像患有镰状细胞病、先天性心脏病等的成人也可接种。
免疫应答特点
婴幼儿接种13价肺炎疫苗后免疫应答较好，能产生更有效的免疫保护；23价肺炎疫苗在成人特别是老年人中，免疫应答可能相对弱一些，但能提供一定保护。
接种程序有别
13价肺炎疫苗通常需要接种4剂，在2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若免疫功能低下者，5年后可再接种1剂。
对于婴幼儿来说，13价肺炎疫苗更适合其免疫系统发育特点来进行保护；而老年人等高危成人可根据自身情况选择23价肺炎疫苗来预防相关肺炎球菌感染。在接种前，应咨询医生，根据自身年龄、健康状况等因素来选择合适的肺炎疫苗。