23价肺炎疫苗涵盖23种肺炎球菌血清型，可预防约90%肺炎球菌感染，适用于2岁以上高危人群及免疫力低下者，接种后保护期约5年；13价肺炎疫苗针对13种常见肺炎球菌血清型，主要用于6周龄 - 5岁婴幼儿和儿童，接种程序有特定安排，保护效果持续时间相对23价肺炎疫苗较短。
覆盖血清型差异
23价肺炎疫苗包含较多血清型，能覆盖更广泛的肺炎球菌类型；13价肺炎疫苗覆盖的血清型相对较少，但主要针对儿童易感染的优势血清型。
适用人群不同
23价肺炎疫苗适合2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）、免疫功能低下者以及65岁以上老年人等；13价肺炎疫苗主要针对6周龄至5岁的婴幼儿、儿童，还有未接种过该疫苗的2 - 5岁儿童。
接种程序有别
13价肺炎疫苗需按规定的接种剂次和时间间隔接种，一般基础免疫在2、4、6月龄接种，加强免疫在12 - 15月龄接种；23价肺炎疫苗通常只需接种1剂，若为免疫功能低下者，5年后可再接种1剂。
免疫持续时间有差
13价肺炎疫苗在儿童体内引发的免疫持续时间相对23价肺炎疫苗较短，但对于儿童早期的保护更为关键；23价肺炎疫苗对成人等的保护持续时间较长。
对于特殊人群，如老年人有基础疾病时，接种前需评估身体状况，确保能耐受接种；婴幼儿接种13价肺炎疫苗时要在专业医护人员监护下进行，密切观察接种后的反应。