23价肺炎疫苗涵盖23种肺炎球菌血清型，适用于2岁以上特定人群，如老年人等；13价肺炎疫苗覆盖13种血清型，主要针对6周龄 - 5岁婴幼儿等，二者在覆盖血清型、适用人群等方面有差异。
覆盖血清型不同
23价肺炎疫苗包含23种肺炎球菌血清型，覆盖范围较广；13价肺炎疫苗包含13种常见肺炎球菌血清型，相对覆盖范围窄一些，但针对的是儿童等特定人群中常见的血清型。
适用人群有别
23价肺炎疫苗适用于2岁以上患慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）者、老年人等；13价肺炎疫苗主要适用于6周龄 - 5岁婴幼儿、65岁以上老年人等，尤其婴幼儿因自身免疫系统发育不完善更需关注。
免疫持续时间差异
一般来说，23价肺炎疫苗免疫持续时间相对较长，但对于婴幼儿等免疫功能未完善人群，13价肺炎疫苗可能更能及时提供保护；而23价肺炎疫苗对于成人等特定人群的保护持续情况也有其特点。
接种程序有差异
13价肺炎疫苗接种程序是基础免疫在2、4、6月龄，加强免疫在12 - 15月龄；23价肺炎疫苗通常是1次接种，不过对于某些免疫功能低下者可能有不同接种安排。