最里面的牙齿旁边的肉肿起来了，可能是由以下原因引起的：
1.智齿冠周炎：智齿是口腔中最后长出的牙齿，由于位置较深，容易导致食物残渣残留和细菌滋生，引起牙龈发炎、肿胀。
2.牙龈炎：不注意口腔卫生，牙结石、菌斑等刺激物会导致牙龈发炎、红肿。
3.牙周炎：牙周炎是一种侵犯牙龈和牙周组织的慢性炎症，会导致牙龈红肿、出血、牙周袋形成、牙槽骨吸收等。
4.根尖周炎：牙齿龋坏后未及时治疗，细菌可通过根尖孔引起根尖周炎，导致牙龈瘘管、肿胀。
5.肿瘤：牙龈上的良性或恶性肿瘤也可能导致肉肿起来。
针对不同的原因，治疗方法也有所不同：
1.智齿冠周炎：可口服抗生素（如甲硝唑、阿莫西林）和止痛药（如布洛芬）缓解症状，同时注意口腔卫生，饭后漱口，早晚刷牙。如果炎症严重，需要进行局部冲洗、上药。如果智齿位置不正，经常发炎，建议在炎症消退后拔除。
2.牙龈炎和牙周炎：需要进行洁治（洗牙）和刮治（深层清洁），去除牙结石和菌斑，必要时还需要进行牙周手术。同时，要注意正确的刷牙方法，使用牙线、牙缝刷等辅助工具，定期复查。
3.根尖周炎：需要进行根管治疗，即去除牙髓，消毒根管，最后填充。
4.肿瘤：需要根据肿瘤的性质、大小、位置等因素，选择手术切除、放疗、化疗等治疗方法。
如果肉肿起来的情况持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的口腔检查和诊断，以便制定合适的治疗方案。此外，平时要注意保持口腔卫生，定期洗牙，发现牙齿问题及时治疗。