怀孕50天B超不见孕囊，可能是以下原因导致的：
1.受孕时间晚：虽然末次月经是怀孕的起始时间，但具体受孕时间可能比末次月经晚，因此孕囊可能还没有到达子宫。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢、腹腔等，B超检查时就无法在子宫内看到孕囊。宫外孕是一种危险的情况，可能导致大出血等并发症，需要及时就医。
3.胚胎发育不良：如果孕囊的发育比实际孕周小，或者出现了胎停育等情况，B超也可能无法看到孕囊。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫疾病，或者内分泌失调、免疫系统问题等，也可能影响孕囊的发育和着床。
如果怀孕50天B超不见孕囊，医生通常会建议进行进一步的检查，如血HCG测定、孕酮测定、阴道超声等，以确定孕囊的位置和发育情况。如果确诊为宫外孕，需要立即采取治疗措施；如果孕囊发育不良，可能需要进行清宫手术；如果是受孕时间晚或其他原因导致的，医生会根据具体情况给出相应的建议和处理方案。
需要注意的是，每个人的情况都不同，具体的诊断和治疗需要根据医生的建议进行。同时，在等待检查和治疗的过程中，孕妇应保持良好的心态，注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。