肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺阻塞感染导致。比如肛腺开口于肛窦，若肛窦受到损伤发炎，就容易阻塞肛腺导管，使得肛腺感染，进而蔓延形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便干结、腹泻等情况都可能损伤肛窦。据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。比如长期便秘的人，大便过硬擦伤肛窦，就为细菌入侵创造了条件。肛腺自身问题： 肛腺发育异常时，也容易发生感染。正常的肛腺能分泌黏液润滑肠道，但如果自身结构或功能出现异常，就更易被细菌感染引发肛周脓肿。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易患上肛周脓肿，这类人群患病概率比正常人高2 - 3倍。像糖尿病患者血糖长期高于11.1mmol/L时，白细胞的吞噬能力减弱，难以抵御细菌感染，从而增加肛周脓肿风险。长期熬夜人群： 长期熬夜会打乱人体生物钟，影响免疫系统功能。研究发现，连续熬夜超过3天的人，机体免疫力会下降20%左右，此时肛周感染的几率就会升高。
局部卫生因素
不注意肛门清洁： 不经常清洗肛门，会导致细菌在肛周堆积。比如有些人不爱每天清洗肛周，肛周皮肤残留的粪便等污垢会为细菌滋生提供温床，进而引发肛腺感染，最终导致肛周脓肿。穿着不透气内裤： 长期穿着紧身、不透气的内裤，会使肛周局部环境潮湿、不通风，有利于细菌繁殖。尤其是在夏季，这种情况更明显，会增加肛周脓肿的发生风险。