肛周脓肿主要是由于肛腺感染引起的，肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及感染，感染可蔓延至肛腺，引起肛腺炎，进而向周围组织蔓延形成肛周脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便干结、腹泻等情况容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，大便过硬擦破肛窦，就为细菌入侵创造了条件。此外，肛门异物损伤肛窦也会引发感染。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体如果排出不畅，就会在腺体内淤积，容易滋生细菌引发感染。比如肛门局部有炎症时，可能会导致肛腺开口阻塞。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易发生肛周脓肿。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的风险比正常人高2~5倍。还有长期使用免疫抑制剂的人，如器官移植后服用免疫抑制剂的患者，免疫力受到抑制，也容易患上肛周脓肿。儿童群体： 儿童的肛腺发育尚不完善，相对更容易感染。而且儿童卫生习惯相对较差，肛门周围容易受细菌污染，增加了肛周脓肿的发病几率。
其他因素
局部感染扩散： 肛周皮肤感染、尿道炎、前列腺炎等疾病的细菌可能蔓延至肛周，引起肛周脓肿。例如尿道炎的细菌可通过淋巴系统蔓延到肛周组织。不良生活习惯： 长期饮酒、嗜食辛辣刺激性食物的人，容易导致肛门直肠局部黏膜充血，抵抗力下降，从而增加肛周脓肿的发病风险。比如有些人经常吃火锅、烧烤等辛辣油腻食物，就可能诱发肛周脓肿。