肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口于肛窦，肛窦易受粪便损伤引发感染，进而累及肛腺，肛腺感染向周围蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙食物等容易损伤肛窦，比如经常便秘的人，干结的大便通过肛管时就容易擦伤肛窦，使得细菌更容易侵入肛腺。据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。肛窦炎症： 当肛窦发生炎症后，炎症会沿着肛腺导管向肛腺蔓延，引起肛腺炎。如果炎症得不到及时控制，就会进一步发展为肛周脓肿。
自身抵抗力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的风险比正常人高。研究发现，糖尿病患者并发肛周脓肿的概率是非糖尿病患者的3 - 5倍。长期应用免疫抑制剂者： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力减弱，也容易引发肛周脓肿。
其他局部因素
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤的疖肿、毛囊炎等感染病灶，细菌可蔓延至肛周皮下组织，从而引发肛周脓肿。例如，肛门周围皮肤长了一个小疖子，如果没有及时处理，细菌扩散可能就会导致肛周脓肿的形成。肛管直肠损伤： 如外伤、内镜检查时的损伤等，都可能使肠道内的细菌进入肛周组织，引发感染形成脓肿。比如，做肠镜检查时，如果操作不当造成肛管直肠黏膜损伤，就为细菌入侵提供了途径，增加了肛周脓肿的发生几率。