肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，大约有 90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未及时处理：当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，若脓肿没有得到有效的控制，脓液会不断积聚，进而向周围组织蔓延，最终就有可能形成肛瘘。比如肛周脓肿持续存在1 - 2周左右，就比较容易发展为肛瘘。脓肿位置与肛瘘形成：肛周脓肿发生的位置深浅也和肛瘘形成有关。低位的肛周脓肿相对来说更容易形成简单的肛瘘，而高位的肛周脓肿则更易形成复杂的肛瘘。
感染因素导致肛瘘
细菌感染是主因：肛门部位本身细菌较多，当肛门周围皮肤受到损伤，细菌就容易侵入，引发感染。像腹泻时频繁擦拭肛门，容易导致肛门皮肤微小破损，细菌趁机而入，引发感染，若感染没有得到及时控制，就可能发展为肛瘘。炎症反复刺激：肛管直肠部位的炎症如果反复发生，也会增加肛瘘的发生风险。比如溃疡性结肠炎患者，肠道炎症波及肛门周围时，长期的炎症刺激会使肛管直肠周围组织反复发炎，进而形成肛瘘。
其他相关因素
克罗恩病影响：克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，容易引起肛周病变，进而导致肛瘘。有研究发现，约10% - 20%的克罗恩病患者会并发肛瘘。免疫功能低下：当人体免疫功能低下时，比如患有糖尿病且血糖控制不佳的人，身体抵抗细菌感染的能力下降，更容易受到肛门周围细菌的侵袭，发生感染后也更难恢复，从而增加肛瘘的发生几率。