扁桃体肥大通常是由反复的炎症刺激引起的，比如儿童时期患上反复的扁桃体炎，就容易导致扁桃体增生肥大。据统计，儿童期扁桃体炎反复发作是引发扁桃体肥大的常见原因之一。
感染因素导致
反复的细菌感染： 像A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体炎的常见致病菌，如果儿童反复感染这类细菌，就容易导致扁桃体反复发炎，进而刺激扁桃体组织增生，出现肥大情况。例如，有的孩子一年会发生4 - 5次以上的扁桃体化脓性感染，就很可能促使扁桃体肥大。病毒感染： 病毒感染也能引起扁桃体炎，比如EB病毒、腺病毒等感染，同样会导致扁桃体炎症反应，长期的炎症刺激会使扁桃体组织增生肥大。
免疫因素相关
自身免疫反应： 人体的免疫系统在对抗病原体时，如果过度活跃，可能会错误地攻击扁桃体组织，引发免疫性炎症，进而导致扁桃体肥大。当身体的免疫平衡被打破，免疫系统对扁桃体的持续攻击就会促使扁桃体不断增生。过敏反应影响： 过敏体质的人接触过敏原后，扁桃体部位可能会出现过敏反应性炎症，长期的过敏炎症刺激也会导致扁桃体肥大。比如对空气中的花粉、尘螨过敏的孩子，在过敏季节可能会反复出现扁桃体的过敏炎症，最终引发肥大。
其他因素影响
年龄阶段特点： 儿童时期，尤其是3 - 10岁这个年龄段，扁桃体是免疫系统的一部分，相对比较活跃，更容易受到感染等因素影响而增生肥大。随着年龄增长，扁桃体可能会逐渐萎缩，但如果反复受到刺激，就可能一直处于肥大状态。环境因素作用： 长期生活在空气污染严重的环境中，或者生活卫生条件较差，容易导致病原体滋生，增加扁桃体感染的几率，从而引发扁桃体肥大。比如在工业污染比较严重的地区，孩子患上扁桃体炎进而出现肥大的概率可能会相对高一些。