宝宝早上起床咳嗽厉害的原因包括生活习惯方面、炎症方面以及咳嗽变异性哮喘等，需依据具体情况加以处理。
一、生活习惯：
1.晚上睡觉前进食过咸食物或夜间室内温度较低且气候干燥，都可能引发早上起床后咳嗽剧烈。
2.处理方法为在生活习惯上进行调整，晚上避免食用过咸食物。若室内温度过于干燥，可开启加湿器，让室内温度保持在约24℃，湿度维持在55%至60%。
二、炎症：
1.若存在鼻炎或鼻窦炎，尤其是过敏性鼻炎，晚上睡觉时由于体位关系，黏液会流入咽后壁，早上咽后壁的黏液刺激到咳嗽感受器，从而导致咳嗽厉害。
2.一般可通过清洗鼻子来缓解症状。若有过敏性鼻炎，特别是在季节变换时，可以服用抗过敏药物如孟鲁司特钠等，同时可用生理盐水清洗鼻子。
三、咳嗽变异性哮喘：
1.患有咳嗽变异性哮喘的宝宝，早上遇到冷空气会引发咳嗽。
2.可给予小儿咳喘灵颗粒、消咳喘糖浆等药物进行治疗。
总之，当宝宝早上起床咳嗽厉害时，要仔细分析可能的原因，并采取相应的措施来改善和治疗。