小儿早晨咳嗽厉害的原因可能有以下几点：
1.上气道咳嗽综合征：由于鼻部疾病引起分泌物倒流鼻后和咽喉等部位，直接或间接刺激咳嗽感受器，导致以咳嗽为主要表现的综合征被称为上气道咳嗽综合征。
2.咳嗽变异性哮喘：咳嗽变异性哮喘是一种特殊类型的哮喘，咳嗽是其主要临床表现，多为刺激性干咳，通常咳嗽比较剧烈，夜间咳嗽为其重要特征。
3.胃食管反流病：小儿胃食管反流病时，胃酸和其他胃内容物反流至食管，甚至口腔，这些反流物可刺激咽喉部和气道，引起咳嗽。
4.变应性咳嗽：变应性咳嗽是一种特殊类型的咳嗽，临床表现为刺激性干咳，通常咳嗽比较剧烈，夜间咳嗽为其重要特征。
5.其他原因：如呼吸道感染、支气管异物、肺结核等也可导致小儿早晨咳嗽厉害。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况还需要结合小儿的具体症状、病史、体格检查和必要的辅助检查等综合判断。如果小儿早晨咳嗽厉害持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确病因并采取相应的治疗措施。