男性衣原体感染后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人常见以下表现。一般来说，男性感染衣原体后，尿道会出现一些异常情况。
尿道不适症状
尿道刺痒： 患者会感觉尿道内有轻微的刺痒感，这种感觉可能会持续存在，时轻时重。尿道分泌物： 晨起时可能会发现尿道口有少量稀薄的分泌物，呈浆液性或粘液性，有时候分泌物会结痂封住尿道口，也就是所谓的“糊口”现象。
排尿相关症状
尿频： 会出现比平时更频繁的排尿情况，正常情况下白天排尿4 - 6次，夜间0 - 2次，若感染后可能会超过这个频率。尿急： 有比较强烈的排尿欲望，很难控制，常常迫不及待地要去排尿。尿痛： 排尿时尿道会有疼痛感，疼痛程度因人而异，有的是轻微的灼痛，有的则较为明显。
生殖系统相关症状
附睾炎： 部分男性衣原体感染可能会引发附睾炎，表现为附睾部位肿胀、疼痛，触摸时疼痛会加剧，严重时阴囊皮肤也会出现红肿等表现。前列腺炎： 少数情况下会导致前列腺炎，出现会阴部坠胀不适、下腹部隐痛等症状，还可能影响精液质量等。需要注意的是，男性衣原体感染的症状可能并不典型，有些症状可能比较轻微，容易被忽视。如果有高危性行为等情况后出现上述相关不适，应及时就医进行检查诊断，以便早期发现并治疗衣原体感染。