男性衣原体感染后，症状表现多样。部分男性感染衣原体后，可能在1-3周左右出现症状。常见的症状有尿道不适，比如尿道会有瘙痒感，有的还会出现刺痛；尿道分泌物也可能增多，初期分泌物较稀薄，呈透明状，随着病情发展可能变得黏稠，颜色可能变黄。
泌尿生殖系统症状表现
尿道炎表现： 男性感染衣原体后引发尿道炎时，会有尿频现象，即排尿次数比平常增多。同时尿道内可能有灼热感，排尿时这种灼热感可能会更明显。附睾炎表现： 部分男性衣原体感染可能累及附睾，导致附睾炎。此时附睾会出现肿大、疼痛，用手触摸能感觉到附睾有明显的肿胀感，疼痛可能会放射到阴囊等部位。
其他可能伴随症状
全身不适情况： 少数男性衣原体感染后可能出现全身不适，像轻微的发热，体温一般不会太高，多在37.5℃ - 38℃左右，还可能伴有乏力感，觉得身体没力气，做事情提不起精神。影响生育方面： 如果衣原体感染长期不愈，可能会对男性生育产生影响。因为衣原体感染可能会影响精子的质量和活力，进而干扰正常的生殖过程，虽然不是所有感染衣原体的男性都会出现生育问题，但存在这样的潜在风险。
与其他疾病症状的区别
与淋病症状区别： 淋病引起的尿道分泌物通常量较多，且多为脓性分泌物，颜色更黄，而衣原体感染的尿道分泌物相对没那么黄，且量相对少些。同时淋病导致的尿痛往往更剧烈。与非淋菌性尿道炎其他病因区别： 非淋菌性尿道炎还可能由支原体感染引起，支原体感染导致的症状和衣原体感染有相似之处，但衣原体感染在尿道分泌物的一些特征上有其自身特点，通过实验室检查可以更准确地区分到底是衣原体还是支原体感染导致的尿道炎。