宝宝三个月晚上睡觉老是摇头，可能与以下原因有关：
1.生理因素：
头部出汗：宝宝头部出汗较多，会感到瘙痒，从而通过摇头来缓解。
湿疹：宝宝头皮上有湿疹，会引起瘙痒，导致摇头。
内耳前庭发育：宝宝内耳前庭功能发育不完善，会通过摇头来探索外界。
2.病理因素：
维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙磷代谢异常，引起神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、夜惊等症状。
中耳炎：宝宝患中耳炎时，会出现耳部疼痛，摇头时可缓解疼痛。
其他：宝宝头部有皮疹、皮肤感染等，也会引起瘙痒，导致摇头。
针对宝宝三个月晚上睡觉老是摇头的情况，可以采取以下措施：
1.保持头部清洁：及时为宝宝清洗头部，保持头皮清洁干燥。
2.调整睡眠环境：保持宝宝睡眠环境舒适，温度适宜，避免过多衣物。
3.补充维生素D：按照医生的建议，给宝宝补充维生素D。
4.观察宝宝情况：注意观察宝宝的其他表现，如有无多汗、夜惊、哭闹等，如有异常，及时就医。
5.就医检查：如果宝宝摇头持续不缓解，或伴有其他症状，应及时就医，进行相关检查，以明确原因。
需要注意的是，每个宝宝的情况可能不同，如果对宝宝的健康有任何疑虑，最好咨询医生的意见。