宝宝三个月晚上睡觉老是摇头，可能与以下几种情况有关。
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育成熟，会出现摇头、左右摇晃身体等动作，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.皮肤问题：宝宝的头部容易出汗，如果没有及时清洗，汗液会刺激头皮，引起瘙痒，导致宝宝摇头。此外，湿疹、痱子等皮肤问题也可能导致宝宝头部不适，从而出现摇头的现象。
3.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致宝宝钙吸收不良，引起佝偻病，从而出现多汗、烦躁、摇头等症状。
4.耳道感染：如果宝宝的耳道内有耵聍（耳屎）或其他分泌物，可能会刺激耳道，引起瘙痒，导致宝宝摇头。此外，中耳炎等耳部感染也可能导致宝宝出现类似症状。
5.过敏：宝宝对某些食物、环境或衣物等过敏，也可能引起皮肤瘙痒，导致宝宝摇头。
6.其他：宝宝神经系统发育不完善，大脑皮层兴奋，也可能出现摇头的现象。此外，一些疾病，如脑瘫、脑积水等，也可能导致宝宝出现异常的摇头动作。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，家长可以先观察。如果宝宝摇头频繁，伴有哭闹、烦躁、睡眠不安等症状，或者出现其他异常表现，建议及时带宝宝就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。