宝宝三个月晚上睡觉老是摇头，可能有以下几种原因：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完善，摇头可能是一种自我安抚的行为。此外，宝宝的神经系统还在发育中，可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。
2.皮肤问题：宝宝的头部可能会因为出汗、湿疹等原因感到不适，从而通过摇头来缓解。
3.环境因素：过热、过冷或环境嘈杂可能会影响宝宝的睡眠，导致他们摇头。
4.缺钙：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗、摇头，伴有易激惹、睡眠不安、夜惊、夜哭等症状。
5.耳部感染：耳部感染可能会引起宝宝耳部疼痛，导致他们摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，通常不需要过于担心。但如果摇头频繁，或伴有其他症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、夜哭、多汗、肋骨外翻等，应及时就医，进行相关检查，以确定原因。
对于小月龄的宝宝，家长可以注意以下几点：
1.保持适宜的睡眠环境，温度适中，空气流通。
2.及时给宝宝清洁头部，保持皮肤干爽。
3.给宝宝补充维生素D，促进钙的吸收。
4.注意观察宝宝的情况，如果发现异常，及时就医。
总之，宝宝三个月晚上睡觉老是摇头可能是正常的，也可能是异常的，需要家长密切观察，如有必要，及时就医。