三个月宝宝晚上睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育还不完善，控制能力较弱，可能会出现摇头、手抖等动作。
2.环境因素：宝宝睡觉时，如果周围环境过热、过冷或过于嘈杂，可能会影响宝宝的睡眠，导致摇头。
3.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、摇头等症状。
4.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，可能会因瘙痒而摇头。
5.耳部感染：宝宝耳部感染时，可能会因耳部不适而摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，可能是正常的生理现象，家长不用过于担心。如果宝宝摇头频繁，伴有多汗、烦躁、睡眠不安等症状，可能是缺钙或其他原因引起，需要及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。
此外，家长要注意给宝宝创造一个舒适的睡眠环境，保持室内温度适宜、安静、整洁。如果宝宝有湿疹，要及时治疗。同时，要注意给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。如果宝宝出现耳部感染等症状，要及时就医治疗。