宝宝三个月晚上睡觉老是摇头，可能是由以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，摇头可能是在自我安抚。
2.皮肤问题：如湿疹，会让宝宝感到瘙痒，从而通过摇头来缓解。
3.环境因素：过热、过冷或不舒适的环境，都可能导致宝宝摇头。
4.缺钙：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗、摇头。
5.耳部感染：耳部感染可能导致宝宝耳部疼痛，从而出现摇头的现象。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持舒适的环境：调整室内温度和湿度，给宝宝选择舒适的衣物和床上用品。
2.注意皮肤护理：及时清洁宝宝的皮肤，保持干爽，避免湿疹等皮肤问题的发生。
3.及时补钙和维生素D：按照医生的建议给宝宝补充钙剂和维生素D。
4.观察耳部情况：如有异常分泌物或宝宝抓挠耳部，应及时就医，排除耳部感染的可能。
5.耐心安抚：当宝宝摇头时，可以轻轻抚摸或抱抱他，给予安全感。
如果宝宝摇头的情况持续不缓解或伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，应及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。