宝宝三个月晚上睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育成熟，会出现摇头的现象，这是正常的。随着宝宝的成长，这种现象会逐渐消失。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若家长没有及时清理，会导致宝宝头部瘙痒，从而出现摇头的情况。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、皮疹等症状。
3.缺钙：宝宝缺钙会导致神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、烦躁等症状。此外，缺钙还可能导致骨骼畸形，如方颅、鸡胸等。
4.头皮瘙痒：如果宝宝的头发过长、过厚，或者家长没有及时给宝宝清洗头发，会导致宝宝头皮瘙痒，从而出现摇头的情况。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致宝宝摇头。此外，中耳炎还可能伴有发热、哭闹等症状。
如果宝宝只是偶尔摇头，且精神状态良好，家长可以先观察一段时间。如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常症状，建议及时带宝宝就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。