矮小症是由多种原因引起的，其中遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，孩子发生矮小症的几率会相对较高。据统计，约70%的矮小症患儿存在遗传因素相关问题。
一、内分泌疾病导致
生长激素缺乏： 垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体分泌生长激素不足，就会影响孩子的生长发育。比如先天性垂体发育异常，会使生长激素分泌减少，从而引发矮小症。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对孩子的生长和代谢起着重要作用。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致孩子生长迟缓，出现矮小的情况，同时还可能伴有智力发育迟缓等表现。
二、染色体异常引起
特纳综合征： 这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女孩身上。患者的染色体核型异常，会出现身材矮小、第二性征不发育等症状。一般女孩在青春期时身高增长明显落后于正常同龄人。唐氏综合征： 由21号染色体异常导致，患儿除了有智力低下的表现外，也常常伴有生长发育迟缓，身材矮小是其典型特征之一。
三、营养及生活环境因素
营养摄入不足： 如果孩子长期挑食、偏食，会导致营养摄入不均衡，缺乏生长所需的蛋白质、钙、锌等重要营养素。例如，长期缺钙会影响骨骼的正常生长，从而影响身高增长。一般3 - 12岁的儿童每天需要摄入足够的蛋白质，如肉类、蛋类、豆类等，以及充足的钙，像牛奶、虾皮等富含钙的食物要保证摄入。生活环境不良： 长期睡眠不足也会影响孩子的生长发育。生长激素在夜间深度睡眠时分泌旺盛，如果孩子经常熬夜，睡眠质量差，会影响生长激素的分泌，进而导致身高增长受影响。另外，长期处于压抑、缺乏关爱等不良心理环境中，也可能对孩子的生长产生不利影响。