小儿黄疸的病因主要分为生理性和病理性两类。新生儿出生后2-3天内约有60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，这是因为新生儿肝脏处理胆红素的能力尚未成熟，胆红素代谢有一定规律，一般无需特殊处理，会在1-2周内自行消退。
生理性黄疸的原因
胆红素生成相对过多： 胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞数量较多，出生后氧分压升高，大量红细胞被破坏，胆红素产生就会增多。而且新生儿红细胞寿命较短，约70-90天，比成人短，所以更容易发生胆红素生成过多的情况。肝脏处理胆红素能力不足： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，出生后1周才达到成人水平；肝细胞结合胆红素的能力也不足，尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UGT）活性低且含量不足，仅为成人的1% - 2%，所以对胆红素的结合能力有限。
病理性黄疸的常见原因
胆红素生成过多
红细胞增多症： 常见于母 - 胎输血、双胎输血等情况，使胎儿红细胞数量增多，出生后红细胞破坏增多，胆红素生成增加。比如母 - 胎输血时，胎儿从母体获取过多红细胞，出生后这些红细胞被破坏，胆红素生成远超正常范围。同族免疫性溶血： 如ABO血型不合或Rh血型不合等。ABO血型不合较常见，母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型时，母亲体内抗A或抗B抗体可通过胎盘进入胎儿体内，引起溶血，导致胆红素生成过多。
肝脏胆红素代谢障碍
感染： 新生儿感染如败血症、肺炎等，细菌及其毒素可抑制肝细胞UGT的活性，影响胆红素的结合；同时感染还可能导致缺氧、酸中毒等，进一步影响肝脏对胆红素的代谢。例如新生儿败血症时，细菌产生的毒素会干扰肝细胞的正常功能。先天性甲状腺功能减退： 患儿甲状腺素分泌不足，会使肝脏葡萄糖醛酸转移酶活性降低，影响胆红素的代谢，导致胆红素在体内积聚。
胆汁排泄障碍
新生儿肝炎： 多由病毒感染引起，如乙肝病毒、巨细胞病毒等，病毒侵犯肝细胞，导致肝细胞受损，胆汁排泄障碍，胆红素反流入血。比如巨细胞病毒感染可引起新生儿肝脏炎症，影响胆汁的正常排出。先天性胆道闭锁： 这是一种先天性疾病，胆道发育异常，导致胆汁无法正常排出，胆红素在体内淤积，引起黄疸，且黄疸会进行性加重，若不及时治疗，可发展为肝硬化等严重后果。