肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染所致。肛腺开口在肛管齿线处的隐窝内，若此处受到粪便等污染，细菌就容易侵入肛腺，引发感染，然后感染向周围组织蔓延，就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
粪便残留刺激：如果粪便残留在肛管隐窝内，就会持续刺激肛腺，增加肛腺感染的风险。比如有些人排便后没有擦干净，粪便残渣就容易滞留在隐窝中。肛腺自身特点：肛腺是一种管状结构，一旦感染，炎症容易在其中扩散，因为它的引流比较不畅，细菌容易在里面滋生繁殖。
局部损伤引发
外伤因素：肛门部位受到外伤，像被异物划伤、坐硬物等，都可能使肛门周围皮肤或组织受损，细菌趁机侵入，从而引发肛周脓肿。例如经常骑自行车的人，肛门部位受到长期摩擦和挤压，就可能增加肛周脓肿的发病几率。医源性损伤：在进行肛门直肠部位的检查或治疗时，如肠镜检查等，如果操作不当，也可能导致肛门周围组织损伤，进而引发感染形成脓肿。
全身抵抗力下降
营养不良人群：长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌感染。比如一些贫困地区长期饮食单一、营养摄入不足的人群，患肛周脓肿的概率相对较高。患有基础疾病者：像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫功能会受到影响，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的可能性比正常人要高不少。