肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。比如，肛腺开口于肛窦，当肛窦受到损伤被细菌侵入后，炎症会蔓延至肛腺，进而引起肛腺感染，感染向肛周间隙扩散就形成了肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 腹泻、便秘等情况容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，干结的大便容易擦伤肛窦，细菌就容易入侵肛腺。据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤史。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛腺导管被粪便等异物阻塞，分泌物无法正常排出，就会导致肛腺感染，进而引发肛周脓肿。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，更容易受到细菌感染，从而增加患肛周脓肿的风险。研究发现，糖尿病患者患肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。长期服用免疫抑制剂人群： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统受到抑制，对细菌的抵御能力下降，容易发生肛周感染形成脓肿。
其他感染蔓延因素
肛管直肠周围组织感染蔓延： 肛管直肠周围的其他组织感染，如直肠炎、结肠炎等，如果炎症没有得到及时控制，可能会蔓延至肛周间隙，引发肛周脓肿。例如直肠炎患者，炎症可能通过淋巴系统扩散到肛周，导致脓肿形成。全身性感染波及： 某些全身性感染性疾病，如败血症等，细菌可通过血液循环到达肛周组织，引起感染形成脓肿。不过这种情况相对较少见，但也是引发肛周脓肿的原因之一。