肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染导致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦受粪便等异物刺激发炎，细菌就容易侵入肛腺，进而引发感染，感染蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙的粪便等都可能损伤肛窦，比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛门时容易擦伤肛窦，使得细菌容易入侵。据统计，约有70% - 80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。肛窦炎症： 肛窦一旦发炎，就会影响肛腺的正常分泌和排泄功能，导致肛腺内分泌物排出不畅，从而为细菌滋生创造了条件，炎症持续发展就可能引发肛周脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫功能会受到影响，白细胞的杀菌能力下降，更容易受到细菌感染引发肛周脓肿，这类人群发生肛周脓肿的几率比正常人高2 - 3倍。还有长期使用免疫抑制剂的人，比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排斥反应的患者，他们的身体免疫力处于较低水平，也容易患上肛周脓肿。婴幼儿： 婴幼儿的免疫系统还不完善，肛腺等组织发育尚不成熟，相对更容易发生肛腺感染，从而引发肛周脓肿。
其他相关因素
肛门局部卫生不良： 不注意肛门局部清洁，粪便残渣容易残留附着在肛窦处，为细菌繁殖提供温床，长期如此就增加了肛周脓肿的发病风险。例如有些婴幼儿家长没有及时给孩子清洁肛门，就容易引发肛周感染进而导致肛周脓肿。全身性疾病影响： 一些全身性疾病也可能间接导致肛周脓肿，比如克罗恩病，这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，会累及肠道，也可能影响到肛门周围组织，导致肛周脓肿的发生；还有白血病患者，由于自身造血系统异常，免疫力极度低下，也容易并发肛周脓肿。