子宫内膜不规则脱落主要是由于黄体萎缩不全引起的。正常情况下，黄体寿命一般为14天左右，然后萎缩退化，雌激素和孕激素水平下降，子宫内膜随之脱落形成月经。而子宫内膜不规则脱落时，黄体萎缩时间延长，导致子宫内膜持续受到雌激素影响，不能完整脱落。
内分泌调节异常因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）以及垂体分泌的促卵泡生成素（FSH）、促黄体生成素（LH）调节异常，会影响黄体的正常发育和萎缩。比如，某些情况下LH撤退缓慢，就会使得黄体不能及时萎缩，从而引发子宫内膜不规则脱落。一般这类内分泌调节异常可能在青春期或围绝经期女性中更易出现，因为这两个时期女性的内分泌系统相对不稳定。孕激素分泌不足或作用异常：孕激素能够促使子宫内膜由增生期向分泌期转化，并且维持内膜的分泌状态。如果孕激素分泌不足，或者子宫内膜对孕激素的反应出现异常，就会导致内膜不能按时完全脱落。例如，体内孕激素水平虽然达到了一定程度，但子宫内膜细胞对孕激素的受体表达异常，就会影响内膜的正常脱落过程。
其他相关因素
全身性疾病影响：一些全身性疾病也可能参与其中。比如甲状腺功能异常，甲状腺激素水平紊乱会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，进而影响黄体的功能。研究发现，约有一定比例（虽无具体固定数值，但有相关统计关联）的甲状腺功能异常患者会出现月经周期紊乱，包括子宫内膜不规则脱落的情况。再如，患有高泌乳素血症时，过高的泌乳素水平会抑制LH的分泌，影响黄体的正常萎缩，导致子宫内膜不规则脱落。医源性因素：某些药物的使用也可能引发子宫内膜不规则脱落。比如长期服用避孕药的女性，避孕药中的激素成分可能会干扰正常的内分泌调节，影响黄体的功能。另外，进行过宫腔操作等医源性干预后，可能会对子宫内膜的正常修复和脱落过程产生影响，增加子宫内膜不规则脱落的发生风险。