子宫内膜不规则脱落主要是由于黄体萎缩不全导致的。正常情况下，黄体在排卵后9 - 10天开始萎缩，若黄体萎缩不全，内膜就不能如期完全脱落。
内分泌调节异常方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）以及垂体分泌的促卵泡生成素（FSH）、促黄体生成素（LH）的分泌节律或量出现异常，会影响卵巢的排卵及黄体功能。例如，某些情况下FSH和LH的比例失调，就可能导致黄体萎缩不全，进而引发子宫内膜不规则脱落。孕激素分泌不足或作用异常： 黄体分泌的孕激素不足，或者子宫内膜对孕激素的反应性降低，都会使得子宫内膜不能正常发生分泌期的改变并按时脱落。即使有孕激素作用，内膜的脱落过程也会受到干扰，出现不规则脱落的情况。
子宫局部因素影响
子宫内膜对前列腺素反应异常： 正常情况下，前列腺素能促进子宫收缩，帮助内膜脱落。但如果子宫内膜局部前列腺素的合成或释放异常，比如前列腺素F2α等含量或比例失调，就会干扰子宫内膜的正常脱落过程。例如，前列腺素F2α分泌过少，子宫收缩乏力，内膜脱落就不顺畅，容易出现不规则脱落。炎症等刺激： 子宫内膜如果存在慢性炎症等情况，会影响内膜的正常生理功能。炎症可能会破坏内膜的正常结构和功能，干扰内膜的脱落节律，导致子宫内膜不规则脱落。比如慢性子宫内膜炎，炎症细胞浸润会影响内膜的代谢和脱落过程。
其他相关因素
甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的甲状腺激素对女性生殖内分泌系统有调节作用。当甲状腺功能亢进或减退时，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能。例如，甲状腺功能减退时，可能导致内分泌紊乱，进而影响黄体功能，引发子宫内膜不规则脱落。有研究发现，约一定比例（具体比例可能因研究不同有所差异）的甲状腺功能异常患者会出现子宫内膜不规则脱落的情况。医源性因素： 长期服用某些药物也可能影响子宫内膜的脱落。比如长期使用避孕药，药物中的激素成分可能会干扰正常的内分泌调节，导致黄体功能改变，引起子宫内膜不规则脱落。另外，接受过某些妇科手术，如宫腔手术等，可能损伤子宫内膜，影响其正常的脱落过程，增加子宫内膜不规则脱落的发生风险。