肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。比如，肛腺开口于肛窦，当肛窦受损伤（如便秘时干硬粪便擦伤肛窦），细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎，进而向周围组织蔓延形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 长期便秘或腹泻，会频繁刺激肛窦，使肛窦容易受损，细菌更容易入侵。据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在不同程度的肛窦损伤情况。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体如果排出不畅，就会在腺体内淤积，为细菌滋生创造条件，从而增加肛周脓肿的发生风险。
自身因素影响
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体免疫力相对较低，更容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的几率比正常人高2~3倍。还有长期服用免疫抑制剂的人，其免疫系统功能受到抑制，也容易引发肛周脓肿。卫生习惯不佳者： 不注意肛门局部清洁，肛门周围容易残留粪便等污染物，细菌容易繁殖，增加肛周感染的可能性。比如，有些人群很少清洗肛门，就更易患上肛周脓肿。
其他相关因素
肛周外伤： 肛门部位受到外伤，如异物损伤、肛门指检时操作不当等，会使局部皮肤黏膜受损，细菌趁机侵入，引发感染形成脓肿。有研究表明，约10%的肛周脓肿患者是因肛周外伤后感染导致。全身性疾病影响： 如克罗恩病等肠道疾病，会影响肠道局部的免疫和炎症反应，增加肛周脓肿的发病概率。这类患者肠道的炎症状态容易波及肛门周围组织，引发感染形成脓肿。