口腔溃疡的引起原因有多种。一般来说，约20%-30%的口腔溃疡与遗传因素有关，若家族中有多人易患口腔溃疡，那么后代患口腔溃疡的几率相对较高。
一、局部创伤因素
口腔内机械性损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心划伤口腔黏膜；或者吃了比较硬的食物，像坚果、脆骨等，刮伤了口腔部位，就容易引发口腔溃疡。这种情况在日常生活中较为常见，尤其是那些刷牙方法不正确或者进食习惯不良的人更容易出现。牙齿残根残冠刺激： 口腔内如果有尖锐的牙齿残根或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡的发生。比如有一颗牙齿已经残根了，它边缘不光滑，就会不断刺激周围的口腔组织，时间一长就可能形成口腔溃疡。
二、免疫系统因素
免疫力低下时易发病： 当人体免疫力下降时，比如感冒发烧、过度疲劳、睡眠严重不足等情况下，身体的免疫系统不能很好地发挥作用，就容易让口腔溃疡有可乘之机。研究发现，在免疫力低下的时期，口腔内的一些潜在病菌可能会活跃起来，从而引发口腔溃疡。自身免疫性疾病相关： 像白塞病等自身免疫性疾病，也常常会伴随口腔溃疡的症状。这类疾病是由于自身免疫系统错误地攻击自身组织，导致口腔等部位出现炎症反应，进而形成口腔溃疡。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族缺乏，比如维生素B2、维生素B6等缺乏时，容易引发口腔溃疡。有调查显示，长期挑食、节食的人，由于饮食中摄入的维生素B族不足，患口腔溃疡的概率比饮食均衡的人要高。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素的缺乏也与口腔溃疡的发生有关。例如，锌元素参与人体多种代谢过程，当体内锌含量不足时，会影响口腔黏膜的修复和再生，容易导致口腔溃疡反复发作。