扁桃体肥大通常是由多种因素引起的。一般来说，儿童时期扁桃体的免疫功能较为活跃，是扁桃体肥大的高发人群。
感染因素导致
反复的咽喉部感染： 细菌或病毒反复感染是引起扁桃体肥大的常见原因。例如，A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体炎的常见致病菌，当儿童机体抵抗力下降时，这种细菌容易侵入扁桃体，引起炎症反应，长期反复的炎症刺激会导致扁桃体黏膜充血、肿胀，进而肥大。一般上呼吸道感染中，有10% - 15%是由链球菌感染引起的扁桃体炎。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等感染也可导致扁桃体肥大。比如腺病毒感染引起的咽结膜热，就常常会出现扁桃体充血、肿大的情况，而且这种病毒感染具有一定的传染性，在学校等儿童聚集的场所容易传播。
过敏因素引发
过敏性鼻炎累及： 患有过敏性鼻炎的儿童，鼻腔的过敏反应会蔓延至咽喉部，导致扁桃体黏膜水肿。因为过敏性鼻炎时，鼻腔黏膜处于高反应状态，炎症介质会释放，这些炎症介质可能会波及到扁桃体，使扁桃体组织水肿、增生，从而引起肥大。研究发现，约30%的扁桃体肥大患儿同时伴有过敏性鼻炎。食物或接触物过敏： 如果儿童对某些食物（如海鲜、坚果等）或接触物（如花粉、尘螨等）过敏，也可能引发扁桃体的过敏反应，导致扁桃体肥大。当机体接触到过敏原后，免疫系统被激活，扁桃体作为免疫器官会出现相应的免疫反应，表现为扁桃体肥大。
自身免疫因素影响
自身免疫性疾病关联： 部分自身免疫性疾病也可能与扁桃体肥大有关。例如，在一些自身免疫性溶血性贫血等疾病中，可能会出现扁桃体的免疫性增生肥大。不过这种情况相对较少见，但也是导致扁桃体肥大的一个潜在因素。自身免疫性疾病导致扁桃体肥大的机制较为复杂，主要是机体的免疫系统错误地攻击自身组织，扁桃体作为免疫相关组织也受到影响而出现异常增生。
解剖结构因素
生理性肥大： 在儿童3 - 5岁时，扁桃体处于生理性肥大阶段，这是正常的生理现象。因为这个时期扁桃体的免疫功能活跃，会出现一定程度的增生，一般到青春期后会逐渐萎缩。据统计，约70%的儿童在3 - 5岁时会有生理性扁桃体肥大的情况，但通常没有明显的症状，也不需要特殊治疗。扁桃体先天发育异常： 少数儿童可能存在扁桃体先天发育异常的情况，导致扁桃体比正常儿童更为肥大。这种先天发育异常可能与遗传等因素有关，但相对来说比较罕见。