系统性红斑狼疮的病因目前尚未完全明确，但研究发现以下几方面因素与之相关。目前认为遗传因素在其中起到重要作用，据统计，有系统性红斑狼疮家族史的人群，其发病风险比无家族史人群高5% - 10%左右。
遗传因素相关
基因携带倾向： 研究发现，某些特定基因的携带会增加患系统性红斑狼疮的风险。比如人类白细胞抗原（HLA）系统中的一些基因，如HLA - DR2、HLA - DR3等基因与系统性红斑狼疮的发病密切相关。具有这些基因的人群，体内免疫系统更容易出现异常反应，从而引发疾病。遗传易感性传递： 这种疾病的遗传不是简单的孟德尔遗传方式，而是多基因遗传。父母一方或双方携带相关易感基因时，子女患病的概率会比正常人群明显升高，但不是绝对会发病，只是有更高的易感性。
环境因素影响
紫外线照射： 紫外线中的紫外线B（UVB）和紫外线A（UVA）都可能诱发系统性红斑狼疮。有研究表明，约40%的系统性红斑狼疮患者在紫外线照射后病情会加重或复发。长期暴露在阳光下的人群，尤其是皮肤白皙、对紫外线敏感的人，患系统性红斑狼疮的风险相对较高。感染因素： 某些病毒感染可能与系统性红斑狼疮的发病有关。例如，EB病毒、C型肝炎病毒等感染可能会触发人体的免疫反应异常。当人体感染这些病毒后，免疫系统错误地将自身组织当作外来病原体进行攻击，进而引发系统性红斑狼疮相关的免疫紊乱。
雌激素的作用
女性高发倾向： 系统性红斑狼疮在女性中的发病率明显高于男性，尤其是在育龄期女性中更为常见。这与雌激素水平密切相关。雌激素可以影响免疫系统的功能，在女性月经周期、怀孕等生理阶段，雌激素水平波动较大，可能会促使免疫系统出现异常，导致自身抗体产生增加，从而诱发系统性红斑狼疮。雌激素与免疫调节： 雌激素能够影响B淋巴细胞、T淋巴细胞等免疫细胞的功能，促进自身抗体的产生。例如，它可能会刺激B细胞过度增殖并产生大量针对自身组织的抗体，这些抗体与自身组织结合后会引发一系列炎症反应，损伤身体多个器官和系统，进而导致系统性红斑狼疮的发生和发展。