白塞病的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、感染因素和免疫异常等有关。遗传方面，研究发现白塞病具有一定的遗传易感性，有相关基因的人群患病风险相对较高；感染因素中，病毒、细菌等病原体的感染可能会诱发白塞病，比如单纯疱疹病毒、链球菌等感染可能与该病的发生有一定关联；免疫异常则是指人体自身的免疫系统出现紊乱，导致免疫系统错误地攻击自身组织，从而引发白塞病相关的一系列症状。
遗传因素相关
基因关联： 白塞病与人类白细胞抗原（HLA）基因密切相关，尤其是HLA-B51基因，携带HLA-B51基因的人群患白塞病的概率比不携带该基因的人群高很多。据统计，在白塞病患者中，HLA-B51基因阳性率可达到50%~90%左右。遗传倾向表现： 如果家族中有白塞病患者，那么其他家族成员患病的风险会比普通人群高。但并不是携带相关基因或家族中有患者就一定会发病，只是患病几率增加。
感染因素相关
病毒感染影响： 单纯疱疹病毒感染可能是白塞病的诱发因素之一。当人体感染单纯疱疹病毒后，可能会激活体内的免疫反应，进而引发自身免疫紊乱，增加患白塞病的可能性。例如，有研究发现部分白塞病患者在发病前有单纯疱疹病毒感染的病史。细菌感染关联： 链球菌等细菌感染也可能与白塞病有关。链球菌感染人体后，其抗原成分可能会与人体自身组织成分发生交叉反应，导致免疫系统失调，引发白塞病的炎症反应。
免疫异常相关
免疫系统紊乱表现： 白塞病患者的免疫系统处于异常活跃状态，体内会产生大量的自身抗体和炎症因子。比如，患者体内的肿瘤坏死因子等炎症因子水平会明显升高，这些炎症因子会导致血管炎等一系列病理改变，从而出现白塞病的口腔溃疡、眼部炎症、生殖器溃疡等症状。免疫调节失衡： 正常情况下，人体的免疫系统能够维持自身的平衡和稳定，但在白塞病患者体内，这种免疫调节机制出现了问题。免疫系统的T细胞、B细胞等免疫细胞功能异常，导致免疫反应失去控制，持续攻击自身的血管等组织，造成组织损伤和炎症的持续存在。