慢性肠炎治疗用药需根据具体病情来定，常用的有益生菌类药物，比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，一般可用于肠道菌群失调引起的慢性肠炎，这类药物相对比较安全，不良反应较少。
常用药物种类
抗生素类药物：如果是细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素。像诺氟沙星，它对肠道常见的一些细菌有抑制作用，但需要注意18岁以下的人群禁止使用诺氟沙星，因为可能会影响软骨发育。还有左氧氟沙星，同样不适用于18岁以下人群，使用时要遵医嘱。止泻药物：对于腹泻症状较明显的慢性肠炎患者，蒙脱石散是常用的。它可以在肠道表面形成保护屏障，吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻的作用，成人和儿童都能使用，但服用时要注意按照正确的方法，一般需要用适量温水冲服。另外，黄连素也有一定的止泻作用，它对肠道细菌有抑制作用，也可用于慢性肠炎腹泻的情况。
药物使用注意事项
特殊人群：孕妇和哺乳期女性使用药物要格外谨慎。比如益生菌类药物，一般相对安全，但如果是抗生素类药物，孕妇和哺乳期女性使用时必须咨询医生，因为有些抗生素可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿。老年人使用药物也需要注意，老年人肝肾功能可能有所减退，在使用一些药物时，要密切关注药物的代谢情况，比如使用抗生素时，可能需要调整剂量，因为肝肾功能减退会影响药物的排泄。药物相互作用：在使用慢性肠炎治疗药物时，要注意药物之间的相互作用。例如，蒙脱石散如果和其他药物同时服用，可能会影响其他药物的吸收，所以一般建议在服用蒙脱石散前后1 - 2小时再服用其他药物。抗生素类药物如果和一些益生菌类药物同时使用，一般建议间隔2 - 3小时，避免影响益生菌的活性。