肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是肛腺阻塞感染导致的。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤引发感染，然后蔓延至肛腺，肛腺感染向周围间隙扩散就形成了肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的硬物、尖锐异物等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者发病前存在肛窦损伤情况，损伤后细菌就容易侵入肛腺。比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛管时很容易擦伤肛窦。肛窦炎症： 当肛窦发生炎症时，炎症会顺着肛腺导管蔓延到肛腺，引起肛腺炎。如果不及时控制炎症，肛腺内的感染会不断加重，进而向周围组织扩散形成脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易发生肛周脓肿，有研究表明，糖尿病患者肛周脓肿的发生率比正常人高2~5倍。艾滋病患者免疫系统严重受损，发生肛周脓肿的风险也明显增加。婴幼儿群体： 婴幼儿的免疫系统还未完全发育成熟，自身抵抗力较弱，肛腺相对较发达，所以也容易出现肛腺感染引发肛周脓肿，尤其是3岁以下的婴幼儿更常见。
其他相关因素
不良生活习惯： 长期久坐、久站会影响肛周局部的血液循环，使局部抵抗力下降，容易诱发肛周脓肿。另外，不注意肛门局部清洁，粪便残留容易滋生细菌，增加感染风险。比如一些司机工作者，长期久坐，患肛周脓肿的几率相对较高。肛门周围皮肤病： 像肛周湿疹、肛周银屑病等肛门周围皮肤病，会使皮肤屏障功能受损，细菌容易侵入，从而引发肛周脓肿。例如患有肛周湿疹的患者，如果搔抓导致皮肤破损，就可能继发感染形成脓肿。