孢子菌毛囊炎治疗常用抗真菌药物，一般疗程需要一定时间，比如通常需要连续用药数周等。
外用抗真菌药
酮康唑洗剂：可抑制马拉色菌生长，能清洁皮肤，辅助治疗孢子菌毛囊炎，使用时取适量涂抹在患处，轻轻揉搓后冲洗干净。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成发挥作用，涂抹于患处，一天使用1次即可。
口服抗真菌药
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药物，能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成。不过使用前需要医生评估患者肝肾功能等情况，因为它可能对肝脏有一定影响。氟康唑：也可用于孢子菌毛囊炎的治疗，同样需要在医生指导下使用，它能抑制真菌的甾醇合成，从而发挥抗真菌效应。
治疗中的注意事项
皮肤清洁方面：患者要保持皮肤清洁干燥，比如每天用温水清洗患处，但要注意水温不宜过高，一般30~40℃比较合适，避免过度搔抓皮肤，防止皮肤破损加重感染。生活习惯上：患病期间要注意穿着宽松透气的衣物，减少皮肤与衣物的摩擦，出汗后及时擦干，因为潮湿的环境有利于马拉色菌繁殖，比如棉质的衣物比较适合患病时穿着。同时，要注意增强自身免疫力，保证充足的睡眠，一般成年人每天需要7~8小时的睡眠时间，饮食上要均衡营养，多摄入富含维生素和蛋白质的食物。